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Datenarchivierung und Informationsverwaltung

Die Roh- und prozessierten Daten werden auf Servern des Rechenzentrums der Universität zu Köln (RRZK) archiviert, wobei ein Network-attached Storage (NAS) System genutzt wird. Die Datensynchronisierung zwischen den Messrechnern der Massenspektrometer und dem NAS wird momentan durch das Personal der Facility gewährleistet und in Zukunft automatisiert. Kunden der Facility erhalten die Ergebnisse der Messungen und Datenanalyse per email.
Ein web-basiertes Samplesubmission Portal, verbunden mit einer SQL-Datenbank, wird demnächst zur Verfügung stehen. Es dient als Schnittstelle zwischen Kunden und dem Personal der Facility sowie zur elektronischen Erfassung und Speicherung von Experimentmetadaten. Mitarbeiter des CECAD und Kollaboratoren stellen der Facility darüber Informationen zu den durchgeführten Experimenten und Proben zur Verfügung, die wichtig für die massenspektrometrischen Messungen und die Datenanalyse sind. Des weiteren können sie den Status der Prozessierung ihrer Proben abfragen.  

Datenanalyse und -Archivierung

Für die Auswertung der Daten nutzen wir die frei verfügbare quantitative Proteomicssoftware MaxQuant. Sie schließt die Suchmaschine Andromeda ein und unterstützt die markierungsfreie Quantifizierung von Proteomen sowie alle Labelingtechniken, wie z.B. SILAC, Di-methyl, TMT, und iTRAQ-Labeling. Als Service bieten wir sowohl eine Standardanalyse der Rohdaten an als auch projektspezifische bioinformatische Analysen. Dafür setzen wir Perseus ein, sowie R und Python für weitergehende statistische und bioinformatische Analysen, Annotation von Daten und deren Visualisierung.

Dr. Christian Frese
Head of Proteomics Facility CECAD
Tel.  +49 221 478 84013
cfrese[at]uni-koeln.de

CECAD Research Institute
Universität zu Köln
Joseph-Stelzmann-Str. 26
50931 Köln

Dr. Christian Frese