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Bildanalyse

Die CECAD Imaging Facility berät Wissenschaftler darin, wie sie an die in den Bilddaten enthaltenen, interessanten Informationen gelangen. Hierfür bieten wir zwei Strategien an:

  • Anwendung von bereits verfügbarer Bildanalysesoftware
    Für viele bildbasierten Probleme gibt es bereits eine Vielzahl von Softwarelösungen. Wir unterstützen unsere Nutzer bei der Wahl der Software / Methode,  die am Besten zur Klärung der biologischen Fragestellung geeignet ist.
  • Entwicklung neuer Bildanalyse-Ansätze
    Für den Fall, dass keine passende Bildanalyse-Methode existiert, können wir maßgeschneiderte Bildanalyse-Algorithmen entwickeln. Solche Langzeit-Projekte (> 6 Monate) enden typischerweise mit der Publikation des entwickelten Ansatzes.
  • Verfügbare Bildanalyse-Software

Tool

Vendor

Application Example

Huygens Scientific Volume Imaging Image Deconvolution
Imaris Bitplane 3D visualization and analysis visualization (modules: Coloc, MeasurementPro, Track, Vantage, Lineage, FilamentTracer, XT)
Volocity PerkinElmer Multidimensional processing and analysis
SymPhoTime Picoquant Fluorescent lifetime imaging (FLIM) analysis
Matlab Mathworks Programming and visualization environment
FIJI/ImageJ open source image processing and development
OMERO.insight open source Client to access the OMERO image visualization and management server
Cellprofiler open source Versatile image analysis workflow designer
Ilastik open source image classification and segmentation
KNIME open source Data analytics, reporting and integration platform

Dr. Astrid Schauss
Head of Imaging Facility
Tel.  +49 221 478 840 27
aschauss[at]uni-koeln.de

CECAD Cologne / Imaging Facility
CECAD Forschungszentrum
Joseph-Stelzmann-Str. 26
50931 Köln

Astrid Schauss